Universitas Pendidikan Ganesha (Undiksha) ditetapkan berdasarkan Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 11 Tahun 2006, tanggal 11 Mei 2006. Sejarah perkembangan Universitas Pendidikan Ganesha sangat panjang dan sangat terkait dengan sejarah pendidikan guru di Indonesia. Pada tahun 1950-an, di Indonesia didirikan Kursus B-I (baca B satu) dan B-II (baca B dua) yang bertugas mendidik calon guru SMTA. Terkait dengan kebijakan tersebut, pada tahun 1955 di Singaraja didirikan Kursus B-I Bahasa Indonesia yang kemudian ditambah dengan Kursus B-I Perniagaan pada tahun 1957.

Selain lembaga pendidikan guru berupa kursus B-I dan B-II, pemerintah juga mendirikan Perguruan Tinggi Pendidikan Guru (PTPG) di empat kota, yaitu Malang, Bandung, Batusangkar dan Tondano pada tahun 1954. Pada tahun 1958, PTPG diubah menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) dan menjadi bagian dari suatu Universitas. Menghindari adanya dualisme lembaga yang menangani masalah pendidikan guru, sejak 1 Januari 1960 semua kursus B-I dan B-II di Indonesia diintegrasikan ke dalam FKIP pada universitas terdekat.

Seirama dengan kebijaksanaan yang diambil pemerintah, sejak tanggal 1 Januari 1962, Kursus  B-I Bahasa Indonesia dan Kursus B-I Perniagaan Singaraja dijadikan FKIP Cabang Universitas Airlangga Surabaya. Kebijakan tersebut tidak berlangsung lama karena sejak di buka Universitas Udayana Denpasar pada tanggal 9 Agustus 1962, FKIP Cabang Universitas Airlangga dilepas dari Universitas Airlangga dan selanjutnya diintegrasikan ke Universitas Udayana menjadi FKIP Univerisitas Udayana.

Keberadaan  FKIP sebagai lembaga yang menangani masalah pendidikan guru mendapat tandingan dari kelompok orang yang mendirikan lembaga Pendidikan guru dengan nama Institut Pendidikan Guru (IPG). Menghindari hal-hal yang tidak diinginkan, Presiden Soekarno mengambil kebijakan dengan mengintegrasikan FKIP dan IPG menjadi Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) berdasarkan Surat Keputusan Presiden No.1 Tahun 1963. Berpijak dari SK Presiden No.1 Tahun 1963, tahun itu juga FKIP Universitas Udayana dilepas dan diintegrasikan pada IKIP Malang, menjadi  IKIP Malang Cabang Singaraja.

IKIP Malang Cabang Singaraja temyata hanya bertahan sekitar lima tahun karena tahun 1968 IKIP Malang Cabang Singaraja kembali diintegrasikan ke Universitas Udayana menjadi dua fakultas, yaitu Fakultas Keguruan (FKg) dan Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP). Langkah ini diambil karena adanya kebijakan pemerintah untuk mengintegrasikan kembali semua IKIP Cabang di Indonesia ke Universitas atau Institut Negeri terdekat, yang tertuang pada SK Dirjen Perguruan Tinggi No. l61 Tahun 1967. Sampai dengan tahun 1979, Fakultas Keguruan Universitas Udayana memiliki 9 (sembilan) jurusan, yaitu: 1) Jurusan Pendidikan Bahasa Indonesia, 2) Jurusan Pendidikan Bahasa Inggris, 3) Jurusan Pendidikan Matematika, 4) Jurusan Pendidikan Fisika, 5) Jurusan Pendidikan Biologi, 6) Jurusan Pendidikan Ekonomi, 7) Jurusan Pendidikan Sejarah, 8) Jurusan Pendidikan Geografi, dan 9) Jurusan CiviclHukum. Pada tahun 1980 Fakultas Keguruan menambah satu jurusan lagi, yaitu Jurusan Pendidikan Kimia. Sementara itu, pada waktu yang sama, Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP) Universitas Udayana mengelola 2 (dua) jurusan, yaitu Jurusan Bimbingan dan Penyuluhan (BP) dan Jurusan Pedidikan Luar Sekolah (PLS).

Mengacu pada kebijakan baru pemerintah untuk menata kembali Universitas dan Institut Negeri Indonesia yang tertuang pada PP No. 5 Tahun 1980, PP No. 27 tahun 1981, dan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan No. 0174/0/1983, berdasarkan Keppres RI  Nomor 62 tahun 1982 pada tanggal 12 Februari 1983, Fakultas Keguruan (FKg) dan Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP) Universitas Udayana dilebur menjadi Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) Universitas Udayana. Saat itu, FKIP Universitas Udayana memiliki empat jurusan yaitu:

1. Jurusan Ilmu Pendidikan, membawahkan:
   1. Program Studi Psikologi Pendidikan dan Bimbingan (PPB),
   2. Program Studi Pendidikan Luar Sekolah (PLS);
2. Jurusan Pendidikan Bahasa dan Seni membawahkan:
   1. Program Studi Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia,
   2. Program Studi Pendidikan Bahasa Inggris;
   3. Jurusan Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial membawahkan:
   4. Program Studi Pendidikan Koperasi,
   5. Program Studi Pendidikan Sejarah,
   6. Program Studi Pendidikan Geografi,
3. Program Studi Pendidikan Moral Pancasila;
   1. Jurusan pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam membawahkan:
   2. Program Studi Pendidikan Matematika;
   3. Program Studi Pendidikan Fisika;
   4. Program Studi Pendidikan Biologi;
   5. Program Studi Pendidikan Kimia.