Latar belakang berdirinya Prodi S1 Pendidikan Bahasa Jepang Undiksha tidak bisa dilepaskan dari Prodi Diploma Tiga Pendidikan Bahasa Jepang yang didirikan pada tahun 2005 dan menerima mahasiswa pertama pada tahun 2006. Program Diploma ini didirikan berdasarkan hasil studi kelayakan mengenai pembukaan program DIII Pendidikan Bahasa Jepang. Hasil studi menunjukkan bahwa, 1) hampir seluruh SMA/ SMK yang berada di wilayah Bali belum memiliki tenaga pengajar yang kualifikasinya relevan sebagai guru bahasa Jepang (yaitu ahli madya -sarjana pendidikan) dan 2) sejumlah 98% SMA di Bali yang memiliki jurusan Bahasa memilih untuk mengajarkan bahasa Jepang sebagai bahasa asing kedua selain bahasa Inggris. 

Tenaga pengajar bahasa Jepang di SMA/SMK yang ada saat itu kebanyakan (67%) diambil dari guru yang berkualifikasi sarjana pendidikan bahasa Inggris. Bahkan, ada guru bahasa Jepang yang berkualifikasi sarjana pendidikan Luar Sekolah (PLS). Hal ini terjadi karena di Bali belum ada lembaga pendidikan yang memiliki program untuk mencetak tenaga pengajar atau guru yang berkualifikasi sarjana Pendidikan Bahasa Jepang. Bahkan di Indonesia sendiri LPTK yang mendidik calon guru bahasa Jepang sangat terbatas. Inilah yang menjadi dasar mengapa kemudian pengelola sekolah mengambil kebijakan untuk memilih guru dengan kualifikasi lainnya untuk dicangkok melalui pelatihan untuk menambah pengetahuan sebagai guru bahasa Jepang. Berdasarkan hasil kajian tersebut kemudian dibuat proposal pendirian pendidikan Program Studi Diploma Tiga Pendidikan Bahasa Jepang. 

Selanjutnya seiring dengan perkembangan perundang-undangan di Indonesia, dengan terbitnya Undang-Undang Guru dan Dosen tahun 2005 yang mengharuskan agar kualifikasi guru adalah minimal sarjana, maka diajukan lagi pendirian Prodi S1 Pendidikan Bahasa Jepang. Setelah melalui proses yang panjang, usulan Prodi S1 Pendidikan Bahasa Jepang disetujui tahun 2010 melalui ijin pendidikan nomor : 183/D/O/2010 tertanggal 23 November 2010. Prodi ini mulai menerima mahasiswa S1 pertama pada tahun 2011 dan sampai saat ini merupakan satu-satunya Prodi yang menyelenggarakan Pendidikan Bahasa Jepang di Bali. 

Sebagai Prodi kependidikan, Prodi Pendidikan Bahasa Jepang melaksanakan pembelajaran bahasa Jepang untuk mendidik calon-calon guru, instruktur, tutor dalam bidang bahasa Jepang. Prodi PBJ saat ini memiliki 9 orang dosen yang tersebar dalam berbagai kualifikasi akademik dan bidang kajian. Beberapa bidang kajian yang digeluti oleh dosen-dosen PBJ adalah bidang Pendidikan Bahasa Jepang, Lingustik Jepang, serta Masyarakat dan Budaya Jepang. Dalam perkembangannya, keberadaan Prodi sangat didukung oleh berbagai pihak baik dalam maupun luar negeri. Prodi PBJ secara aktif melakukan kerja sama dengan berbagai kampus di dalam negeri dan juga dari Jepang. Berbagai kolaborasi internasional telah dilakukan untuk memberikan kesempatan kepada mahasiswa mengembangkan diri dan kompetensi di berbagai bidang. 

Mulai tahun 2015, Prodi PBJ secara rutin melakukan kolaborasi dengan Universitas Iwate Jepang. Selanjutnya mulai tahun 2018, telah melakukan kolaborasi internasional dengan Universitas Ohkagakuen Aichi Jepang dalam bidang pengajaran dan pemahaman lintas budaya. Kerja sama juga dilakukan dengan berbagai komunitas Jepang, hotel, dan lembaga pendidikan. Seiring dengan spirit Merdeka Belajar Kampus Merdeka (MBKM), Prodi PBJ telah melakukan pembelajaran lewat magang kerja (internship) ke Jepang di berbagai hotel di Jepang.