Keberadaan Fakultas Olahraga dan Kesehatan (FOK) Universitas Pendidikan Ganesha (UNDIKSHA) tidak terpisahkan dengan sejarah dibukanya Jurusan Pendidikan Jasmani, Kesehatan dan Rekreasi (Penjaskesrek). Secara kronologis lahirnya FOK berawal dari berdirinya Program Studi (Prodi) Pendidikan Olahraga dan Kesehatan jenjang Strata Satu (S1) yang berdiri sejak tahun 1988 di bawah Jurusan Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (MIPA) yang saat itu masih bergabung dengan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP) Universitas Udayana (UNUD) Denpasar. 

Berdasarkan Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor: 08 Tahun 1993 tanggal 16 Januari 1993 diputuskan bahwa terjadi perubahan status kelembagaan FKIP UNUD menjadi Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan (STKIP) Singaraja, maka saat itu prodi Pendidikan Olahraga dan Kesehatan berubah nama menjadi prodi Pendidkan Jasmani, Kesehatan dan Rekreasi (Penjaskesrek) yang sebelumnya berada di bawah Jurusan MIPA bergeser menjadi di bawah Jurusan Ilmu Pendidikan (JIP) STKIP Singaraja.

Dengan terbitnya Keputusan Presiden Nomor: 19 Tahun 2001 tertanggal 05 Februari 2001 status kelembagaan STKIP Singaraja berubah menjadi Institut Keguruan dan Ilmu Pendidikan (IKIP) Negeri Singaraja. Pada tahun 2001 melalui surat Dirjen Dikti Depdikbud Nomor: 2808/D/T/2001 tertanggal 30 Agustus 2001 disetujui pembukaan prodi Ilmu Keolahragaan (IKOR) jenjang Strata Satu (S1) dan prodi Pelatihan Olahraga Pariwisata (POPARI) jenjang Diploma Tiga (D3).

Selanjutnya prodi Penjaskesrek, Prodi IKOR, dan Prodi POPARI diintegrasikan ke dalam Jurusan Ilmu Keolahragaan (JIK), dimana JIK merupakan jurusan yang berada langsung di bawah Rektor atau sebuah jurusan setingkat dengan fakultas.