Melalui surat Direktorat Jendral Pendidikan Tinggi Nomor: 271/O/T/2004 disetujui perubahan status Jurusan llmu Keolahragaan (JIK) menjadi Fakultas Pendidikan Ilmu Keolahragaan (FPIK). Selanjutnya Rektor IKIP Negeri Singaraja membuat Surat Keputusan Nomor 397/K16/PP/2004, tanggal 7 Juli 2004 yang memutuskaan peningkatan status Jurusan Ilmu Keolahragaan (JIK) menjadi Fakultas Pendidikan Ilmu Keolahragaan (FPIK) yang membawahi:

1. Jurusan Penjaskesrek (S1),
2. Jurusan Ilmu Keolahragaan (S1), dan
3. Jurusan Pelatihan Olahraga Pariwisata (D-III).

Pada rentang waktu tahun 2005 sampai dengan tahun 2006 terjadi beberapa perkembangan yang mewarnai perjalanan IKIP Negeri Singaraja. Pertama, berdasarkan SK Dirjen Dikti No. 2962/D/T/2005 tanggal 29 Agustus 2005 disetujui penyelenggaran Program Studi D-II PGTK yang berada di bawah naungan Fakultas Ilmu Pendidikan. Kedua, berdasarkan SK Dirjen Dikti Depdiknas No. 12/D/T/2006 disetujui Pembukaan Jurusan Pendidikan Bahasa Bali (D- IIl) dan Jurusan Pendidikan Bahasa Jepang   (D-III) yang keduanya berada di bawah naungan Fakultas Pendidikan Bahasa dan Seni. Ketiga, berdasarkan Surat Keputusan Dirjen Dikti No. 3331/D/T/2006 disetujui penyelenggaraan Program Studi PGSD (S1) yang juga berada di bawah naungan Fakultas Ilmu Pendidikan.

Perkembangan besar di lembaga ini terjadi setelah diterbitkan Perpres No. 11/2006 tanggal 11 Mei 2006 tentang perubahan status IKIP Negeri Singaraja menjadi Universitas Pendidikan Ganesha (Undiksha). Dengan demikian Tahun Akademik 2006/2007. Universitas Pendidikan Ganesha mengelola enam Fakultas, satu Program Pascasarjana dengan rincian sebagai berikut.

1. Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FPMIPA) yang membawahi:
   1. Jurusan Pendidikan Matematika (S1)
   2. Jurusan Pendidikan Fisika (S1)
   3. Jurusan Pendidikan Kimia (S1)
   4. Jurusan Pendidikan Biologi (S1)
   5. Jurusan Analis Kimia (D-IIl)
2. Fakultas Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial (FPIPS) membawahi :
   1. Jurusan Pendidikan Ekonomi (S1)
   2. Jurusan Pendidikan Sejarah (S1)
   3. Jurusan Pendidikan Geografi (S1)
   4. Jurusan Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan (S1)
   5. Jurusan Akuntasi (D-III)
   6. Jurusan Manajemen Perhotelan (D-III)
3. Fakultas Pendidikan Bahasa dan Seni (FPBS)membawahi:
   1. Jurusan Pendidikan Bahasa, Sastra Indonesia dan Daerah (S1)
   2. Jurusan Pendidikan Bahasa Inggris (S1)
   3. Jurusan Pendidikan Seni Rupa (S1)
   4. Jurusan Bahasa Inggris (D-III)
   5. Jurusan Pendidikan Bahasa Bali (D-III)
   6. Jurusan Pendidikan Bahasa Jepang (D-III)
4. Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP)membawahi:
   1. Jurusan Bimbingan dan Konseling (S1)
   2. Jurusan Teknologi Pendidikan (S1)
   3. Jurusan Pendidikan Dasar
      • Program Studi D-II GSD
      • Program Studi D-II GTK
      • Program Studi S1 PGSD

5. Fakultas Pendidikan Teknologi dan Kejuruan (FPTK)membawahi:
   1. Jurusan Pendidikan Kesejahteraan Keluarga (S1)
   2. Jurusan Manajemen Informatika (D-III)
   3. Jurusan Teknik Elektro (D-III)
   4. Jurusan Boga Perhotelan (D-III)
6. Fakultas Pendidikan llmu Keolahragaan (FPIK) membawahi :
   1. Jurusan Penjaskesrek (S1)
   2. Jurusan Ilmu Keolahragaan (S1)
   3. Jurusan Pelatihan Olahraga Pariwisata (D-III)
7. Program Pascasarjana yang membawahi:
   1. Program Studi Pendidikan Bahasa (S2)
   2. Program Studi Metode Penelitian dan Evaluasi Pendidikan (S2)
   3. Program Studi Manajemen Pendidikan (S2)

Peraturan Mendiknas No. 29 Tahun 2007 tentang Organisasi dan Tata Kerja Undiksha menimbulkan perubahan struktur fakultas. Selain itu, penerbitan beberapa surat keputusan (SK) yang menetapkan pembukaan beberapa jurusan juga mengakibatkan perubahan struktur di beberapa fakultas. SK Dirjen Dikti No. 2090/D/T/2007 tanggal 2 Agustus 2007 menetapkan penyelenggaraan Jurusan Pendidikan Teknologi Informatika dan Komputer (PTIK), SK Dirjen Dikti No. 2456/D/T/2007 tanggal 22 Agustus 2007 menetapkan penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Dasar (S2), serta SK Dirjen Dikti No. 972/D/T/2008 tanggal 8 April 2008 menetapkan penyelenggaraan Jurusan Budidaya Kelautan (D-III). Selain penerbitan SK tentang pembukaan beberapa jurusan baru, tanggal 29 November 2007 terbit Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional Republik Indonesia Nomor: 631/Dikti/Kep/2007 tentang Penataan dan Kodifikasi Program Studi pada Perguruan Tinggi. Akibatnya, beberapa jurusan, program studi mengalami perubahan nama. Jurusan Manajemen Perhotelan berubah nama menjadi Jurusan Perhotelan, Jurusan Boga Perhotelan berubah nama menjadi Jurusan Tata Boga, Jurusan Pendidikan Bahasa, Sastra Indonesia dan Daerah berubah menjadi Jurusan Pendidikan Bahasa Indonesia, Jurusan Teknik Elektro berubah menjadi Jurusan Teknik Elektronika, dan Program Studi Manajemen Pendidikan berubah Program Studi Administrasi Pendidikan.

Pada rentang waktu tahun 2009, Undiksha memperoleh kewenangan untuk mengelola beberapa jurusan/program studi baru. Pertama, Program Studi Pendidikan Sains dan Program Studi Pendidikan Matematika masing-masing pada jenjang Program Pascasarjana (S2) ditetapkan penyelenggaraannya melalui SK Dirjen Dikti Nomor 890/D/T/2009 tertanggal 11 Juni 2009. Kedua, melalui SK Dirjen Dikti Nomor 1036/DIT/2009 tertanggal 25 Juni 2009 Undiksha diberi kewenangan untuk menyelenggarakan Jurusan Manajemen jenjang S1. Ketiga, melalui SK Dirjen Dikti Nomor 1347 tertanggal 10 Agustus 2009, Undiksha juga diberikan ijin untuk menyelenggarakan Jurusan Akuntansi jenjang Program Sarjana (S1) dan Program Studi Teknologi Pembelajaran jenjang Program Pascasarjana (S2). Keempat, Program Studi Pendidikan Kepelatihan Olahraga jenjang Program Sarjana (S1), ditetapkan penyelenggaraannya di Undiksha berdasarkan SK Dirjen Dikti Nomor 1858/D/T/2009 tertanggal 15 Oktober 2009. Kelima, melalui SK Dirjen Dikti Nomor 1937 tertanggal 30 Oktober 2009, Undiksha juga diberikan ijin untuk menyelenggarakan Jurusan Pendidikan Guru Pendidikan Anak Usia Dini (PG PAUD) jenjang Program Sarjana (S1).

Tahun 2010, Undiksha memperoleh kewenangan untuk mengelola satu jurusan baru, yakni Jurusan Pendidikan Teknik Elektro Jenjang S1 yang berada di lingkungan Fakultas Teknik dan Kejuruan. Penyelenggaraan Jurusan Pendidikan Teknik Elektro ditetapkan berdasarkan SK Dirjen Dikti Nomor 1858/D/T/2009 tertanggal 15 Oktober 2010. Selanjutnya, tahun 2011, Undiksha memperoleh kewenangan untuk mengelola dua jurusan baru, yakni Jurusan Pendidikan Bahasa Bali Jenjang S1 dan Jurusan Pendidikan Bahasa Jepang Jenjang S1. Sejalan dengan kebijakan pemerintah pusat tentang kualifikasi calon guru, mulai tahun akademik 2011/2012 Jurusan Pendidikan Bahasa Bali Jenjang D-3. dan Jurusan Pendidikan Bahasa Jepang Jenjang D-3 tidak lagi menerima mahasiswa baru. Tahun 2012 juga Undiksha memperoleh kewenangan untuk megelola jurusan Pendidikan Teknik Mesin jenjang S1 dan melalui SK Rektor Nomor 650/UN48/HK/2012 tanggal 1 Agustus 2012 didirikan Fakultas Ekonomi dan Bisnis.