Sejalan dengan kebijakan pemerintah saat itu, sejak tahun akademik 1987/1988 Program Studi Psikologi Pendidikan dan Bimbingan (PPB) dan Program Studi Pendidikan Luar Sekolah (PLS) tidak menerima mahasiswa baru. Kebijakan tersebut berlangsung cukup lama, yakni sampai FKIP Universitas Udayana berubah menjadi Sekolah Tinggi Keguruan dan Ilmu Pendidikan (STKIP) Singaraja. Program Studi Psikologi Pendidikan dan Bimbingan (PPB) kembali menerima mahasiswa baru pada tahun 1997 dengan nama Program Studi Bimbingan Konseling (BK), sedangkan Program Studi Pendidikan Luar Sekolah (PLS) berubah menjadi Program Studi Teknologi Pendidikan (TP) dan mulai menerima mahasiswa baru tahun 2000.

Mulai tahun akademik 1988/1989, FKIP Universitas Udayana mendapat kepercayaan mengelola Program Studi Pendidikan Olahraga dan Kesehatan, yang kemudian berubah nama menjadi Program Studi Pendidikan Jasmani, Kesehatan dan Rekreasi (Penjaskesrek) yang dimasukkan dalam naungan Jurusan Pendidikan MIPA, serta Program Studi Pendidikan Seni Rupa yang berada di bawah naungan Jurusan Pendidikan Bahasa dan Seni. Selanjutnya mulai tahun akademik 1990/1991, FKIP Universitas Udayana juga mendapatkan kepercayaan untuk mengelola Program Studi Pendidikan Kesejahteraan Keluarga (PKK) dan Program Studi Pendidikan Guru Sekolah Dasar Jenjang Diploma II (PGSD D-II). yang keduanya berada di bawah koordinasi Jurusan Ilmu Pendidikan.

Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia No. 8 Tahun 1993 tanggal 16 Januari 1993 secara resmi menyatakan perubahan status FKIP Universitas Udayana menjadi Sekolah Tinggi Keguruan dan llmu Pendidikan (STKIP) Singaraja. Saat itu, STKIP Singaraja terdiri atas empat jurusan, yaitu:

1. Fakultas Ilmu Pendidikan, membawahkan:
   1. Program Studi Bimbingan dan Konseling (BK).
   2. Program Studi Teknologi Pendidikan (TP).
   3. Program Studi Pendidikan Jasmani Kesehatan dan Rekreasi,
   4. Program Studi PKK,
   5. Program Studi PGSD (D-II);
2. Fakultas Pendidikan Bahasa dan Seni membawahkan:
   1. Program Studi Pendidikan Bahasa, Sastra Indonesia dan Daerah,
   2. Program Studi Pendidikan Bahasa Inggris,
   3. Program Studi Pendidikan Seni Rupa;
3. Fakultas Pendidikan llmu Pengetahuan Sosial membawahkan:
   1. Program Studi Pendidikan Ekonomi.
   2. Program Studi Pendidikan Moral Pancasila.
   3. Program Studi Pendidikan Sejarah.
   4. Program Studi Pendidikan Geografi.
4. Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam membawahkan:
   1. Program Studi Pendidikan Matematika.
   2. Program Studi Pendidikan Fisika.
   3. Program Studi Pendidikan Biologi.
   4. Program Studi Pendidikan Kimia.

Kebijakan pemerintah untuk memberikan perluasan mandat pada Lembaga Pendidikan Tenaga Kependidikan (LPTK) memotivasi STKIP Singaraja untuk mempersiapkan diri untuk mengemban mandat mengelola program studi non kependidikan. Mulai tahun 1997 dirintis pembukaan program Diploma-III bidang non kependidikan untuk tiga bidang studi, yaitu Manajemen Informatika, Akuntansi, dan Bahasa Inggris untuk Pariwisata. Setelah melalui proses pembahasan yang cukup panjang, berdasarkan SK Dirjen Dikti Nomor 3471/DIKTIIKep/1999 tanggal 15 Juli 1999, ditetapkan bahwa mulai tahun akademik 1999/2000 STKIP Singaraja diijinkan untuk mengelola Program Studi  Diploma-III Manajemen Informatika dan Diploma-III Akuntansi. Selanjutnya, dengan SK Dirjen Dikti Nomor 216I/DIKTII KEP/2000 t anggal 5 Juli 2000 ditetapkan pembentukan Program Studi Diploma-III Bahasa Inggris. Program Studi Manajemen Informatika D-III berada di bawah naungan Jurusan Pendidikan MIPA, Program Studi Akuntansi D-III berada di bawah naungan Jurusan Pendidikan IPS, dan Program Studi Bahasa Inggris D-III berada di bawah naungan Jurusan Pendidikan Bahasa dan Seni.

Pada perkembangan berikutnya, berdasarkan SK Dirjen Dikti Nomor 16/DIKTI/ Kep/2000 tanggal 7 Februari 2000, STKIP Singaraja telah diberi kewenangan melaksanakan Program Pascasarjana jenjang S2 untuk Program Studi Pendidikan Bahasa. Selanjutnya, berdasarkan SK Dirjen Dikti Nomor 12/Dikti/Kep/2001 tanggal 18 Januari 2001, telah disetujui pembukaan Program Studi Penelitian dan Evaluasi Pendidikan (PEP) jenjang S2.

Melalui perjuangan yang cukup berat untuk melaksanakan rencana perluasan mandat dan melalui studi kelayakan tentang usulan perubahan Institusi dari STKIP menjadi Universitas, akhirnya berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 19 Tahun 2001 tertanggal 5 Februari 2001, STKIP Singaraja disetujui berubah menjadi Institut Keguruan dan llmu Pendidikan (IKIP) Negeri Singaraja. Lebih lanjut, untuk mempersiapkan diri dalam rangka pengembangan IKlP Negeri Singaraja, dengan Surat Dirjen Dikti Nomor: 2808/D/T/2001 tanggal 30 Agustus 2001 telah disetujui usulan pembukaan Jurusan llmu Keolahragaaan (S1), Jurusan Boga Perhotelan (D­-III), Jurusan Manajemen Perhotelan (D-III), dan Jurusan Pelatihan Olah Raga Pariwisata (D-III). Berikutnya, dengan surat Dirjen Dikti Nomor: 138/D/T/2002 tanggal 25 Januari 2002, telah disetujui pula pembukaan Jurusan Teknik Elektro (D-III) dan Jurusan Analis Kimia (D-III). Pada jenjang pascasarjana S2, IKIP Negeri Singaraja diberi kesempatan mengelola Program Studi Manajemen Pendidikan yang ditetapkan berdasarkan SK Dirjen Dikti No. 1190/D/T/2003 tertanggal 10 Juni 2003.

Empat jurusan yang telah ada yakni Jurusan Pendidikan MIPA, Jurusan Pendidikan IPS, Jurusan Pendidikan Bahasa dan Seni, serta Jurusan Ilmu Pendidikan diusulkan menjadi Fakultas. Program studi di bawah jurusan-jurusan diubah statusnya menjadi Jurusan. Khusus untuk program studi bidang teknik dan kejuruan, yaitu Program Studi Manajemen Informatika dan Program Studi Teknik elektro yang semula berada di bawah Jurusan Pendidikan MIPA bersama dengan Program Studi PKK yang semula berada di bawah Jurusan Ilmu Pendidikan dan Jurusan Boga Perhotelan yang baru dibuka diintegrasikan ke Fakultas Pendidikan Teknologi dan Kejuruan (FPTK) yang baru dibentuk. Selanjutnya, dalam upaya pengembangan Fakultas Pendidikan Ilmu Keolahragaan (FPIK), Program Studi Penjaskesrek, Program Studi llmu Keolahragaan, dan Program Studi Pelatihan Olah Raga Pariwisata diintegrasikan ke Jurusan llmu Keolahragaan (JIK). JIK merupakan jurusan yang berada langsung di bawah rektor atau setingkat dengan fakultas.

Dengan demikian, berdasarkan Organisasi Tata Kerja (OTK) dan Statuta yang dimiliki, pada tahun akademik 2002/2003 IKIP Negeri Singaraja telah mengelola 5 Fakultas, Program Pascasarjana, dan satu jurusan setara fakultas dengan keberadaan jurusan/program studi sebagai berikut.

1. Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FPMIPA) membawahi:
   1. Jurusan Pendidikan Matematika (S1 )
   2. Jurusan Pendidikan Fisika (S1)
   3. Jurusan Pendidikan Kimia (S1)
   4. Jurusan Pendidikan Biologi (S1)
   5. Jurusan Analis Kimia (D-III)
2. Fakultas Pendidikan Ilmu Pengetahuan Sosial (FPIPS) membawahi:
   1. Jurusan Pendidikan Ekonomi (S1)
   2. Jurusan Pendidikan Sejarah (S1)
   3. Jurusan Pendidikan Geografi (S1)
   4. Jurusan Pendidikan Pancasila dan Kewarganegaraan (S1)
   5. Jurusan Akuntasi (D-III)
   6. Jurusan Manajemen Perhotelan (D-III)
   7. Jurusan Pendidikan Bahasa dan Seni (FPBS) membawahi:
   8. Jurusan Pendidikan BahasaSastra Indonesia dan Daerah (S1)
   9. Jurusan Pendidikan Bahasa Inggris (S1)
   10. Jurusan Pendidikan Seni Rupa (S1)
   11. Jurusan Bahasa Inggris (D-III)
3. Fakultas llmu Pendidikan (FIP) membawahkan:
   1. Jurusan Bimbingan dan Konseling (S1)
   2. Jurusan Teknologi Pendidikan (S1)
   3. Jurusan Pendidikan Dasar
4. Fakultas Pendidikan Teknologi dan Kejuruan (FPTK)membawahi:
   1. Jurusan Pendidikan Kesejahteraan Keluarga (S1)
   2. Jurusan Manajemen Informatika (D-III)
   3. Jurusan Teknik Elektro (D-III)
   4. Jurusam Boga Perhotelan (D-III)
5. Fakultas llmu Keolahragaan (JIK) membawahi:
   1. Program Studi Penjaskesrek (S1)
   2. Program Studi llmu Keolahragaan (S1)
   3. Prograrn Studi Pelatihan Olahraga Pariwisata (D-III)
6. Program Pascasarjana yang membawahi:
   1. Prograrn Studi Pendidikan Bahasa (S2),
   2. Program Studi Penelitian dan Evaluasi Pendidikan (S2)
   3. Program Studi Manajemen Pendidikan (S2).