Bagian Perencanaan dan Kerja Sama mempunyai tugas melaksanakan urusan perencanaan serta koordinasi dan administrasi kerja sama. Dalam melaksanakan tugasnya, Bagian Perencanaan dan Kerja Sama menyelenggarakan fungsi sebagai berikut:

1. Penyusunan rencana pengembangan Undiksha.
2. Penyusunan rencana, program, dan anggaran.
3. Pelaksanaan koordinasi perencanaan di lingkungan Undiksha.
4. Pemantauan dan evaluasi pelaksanaan rencana, program, dan anggaran.
5. Pelaksanaan koordinasi dan administrasi kerja sama.

Bagian Perencanaan dan Kerja Sama terdiri atas:

1. Subbagian Program dan Anggaran yang mempunyai tugas melakukan penyusunan bahan rencana pengembangan, rencana, program, dan anggaran serta koordinasi perencanaan di lingkungan Undiksha.
2. Subbagian Evaluasi Pelaksanaan Program dan Anggaran yang mempunyai tugas melakukan pemantauan dan evaluasi pelaksanaan rencana, program, dan anggaran serta penyusunan laporan Undiksha.
3. Subbagian Kerja Sama mempunyai tugas melakukan penyusunan bahan koordinasi dan pelaksanaan administrasi kerja sama di lingkungan Undiksha.